Данный профсоюз имеет свидетельство Управления юстиции города Санкт-Петербург, доказывающее государственную регистрацию этого общественного объединения. Балтийская территориальная организация Российского профсоюза моряков  — это  добровольное объединение членов первых организаций Российских профсоюзов моряков, которые действуют на территории Ленинградской области и Санкт-Петербурга.

Балтийская территориальная организация  была учреждена и сформирована 11 октября 1994 года. Организовали ее после общего учредительного собрания нескольких представителей от первичных профсоюзных организаций Балтийского региона Российского Морфлота.  Основная и главная цель данной организации – это зашита и представительство прав и интересов моряков Российского Морфлота в социально-трудовых вопросах. Организация производит свою работу на основе Статьи 30 Конституции РФ, а также Закона РФ «О профсоюзах, их правах и гарантиях деятельности».

Балтийской территориальной организацией профсоюзов моряков осуществляется координация деятельности каждой профсоюзной организаций, в составе Российского профсоюза моряков. Кроме того, организация выступает в качестве представителя при защите интересов моряков в составе профсоюза при взаимоотношениях с органами госвласти, на уровне местного самоуправления в  Санкт-Петербурге и области, при взаимодействии, как с коммерческими, так и некоммерческими предприятиями. По средствам членства Российского профсоюза моряков, данная организация выступает представителем и защитником интересов моряков-членов данного профсоюза РФ при взаимоотношениях с иностранными работодателями.  В общей сложности в профсоюзе состоит более 10000 моряков.