Основным отличительным признаком альтернативных профсоюзов от  тех, что существовали в СССР до таковых, является их не государственность. То есть теперь, наконец-то,  профсоюзы  стали совершенно независимы от трактовок приоритетов вышестоящих структур и руководства фабрик и предприятий. Кроме того, уникальность такого рода профсоюзов заключался в том, что в их составе  за редким исключением вообще не присутствовало руководителей все тех же предприятий, заводов и фабрик.  Профсоюзным организациям после долгих лет мытарства удалось выйти из-под гнета советского наследия,  однако это повлекло вереницу сложных проблем.

Во-первых, такие организации были сильно политизированы. Альтернативные  варианты профсоюзных течений  выше прочего в приоритете ставят свое участие в политической жизни страны в целом и регионов на своих местах, более того, проявляется это в виде постоянно протеста против всего. Понятно, что такое стремление знать все и обо всех отводит далеко не на второй и не на третий план заботу и решение самых обычных  нужд самих рабочих.

Альтернативные профсоюзы своим приоритетом считают собственную конфронтацию. Получается, что этот тип  профсоюзов не внял некоторым аспектам советских профсоюзов, которые были весьма положительны во многих случаях. Таким образом,  профсоюзы все чаще умело организуют забастовки и митинги, а вот рутинная жизнь для них — непосильная ноша. Собственно, именно это провоцирует тот факт, что лидеры таких профсоюзов сами заинтересованы  в постоянных перманентных забастовках, ведь с помощью них только и можно увеличить свой авторитет в массах. Так по одну сторону баррикад оказывается некий образ таких профсоюзов, как рьяных «борцов за справедливость», а по другую сторону этот же фактор является отталкивающим для тех, кто не приемлет радикальных решений проблем с властями.

Внутри самих новых профсоюзов зачастую можно наблюдать фактор аморфности в организационном аспекте вопроса. Это обусловлено тем, что членство в таких профсоюзах постоянно претерпевает изменения, а сами  лидеры профсоюзов могут находиться постоянно на грани конфликта, кроме того, известно, что зачастую в таких профсоюзах присутствует расточительство профсоюзного финансового фонда со стороны их лидеров.