ВОВ внесла существенные и серьезные изменения в работу всех профсоюзов. В кратчайшие сроки организации и предприятия перестроили свою деятельность, многие профсоюзные работники и активисты ушли на фронт. Члены профсоюзов, оставшиеся в тылу, а в основном это были старики и женщины, стали замещать ушедших. Именно на них лежала основная тяжесть по поддержанию промышленности в стране.
Многие женщины осваивали мужские профессии: рамщики, комлевые обрезчики, трактористы, станочники. Профкомы призывали население идти на тушение зажигательных бомб, на заготовку дров, привлекали людей к уходу за ранеными бойцами и дежурству в госпиталях, собирали подарки для отправки на фронт.
Но и тогда продолжалось профсоюзное строительство. К примеру, в 1944 году было образовано профсоюзное сообщество Беломорской Военной Флотилии, которое сегодня известно как Северодвинский совет профсоюза судостроителей.
После войны профсоюзы также были в силе. От них требовалось обновление методов и форм их работы в связи с возросшими масштабами экономики и со сложностью восстановления народного хозяйства. Профсоюзы играли огромную роль в воспитании трудовых резервов.
Активисты профсоюзов делали основной упор на организацию межсоюзной работы и управление совместными действиями профгрупп и профактива, через которые в активную производственную деятельность вовлекались служащие и рабочие. Так была организована борьба с потерями. На фермах, участках, в мастерских были открыты кинопередвижки, красные уголки, была усилена индивидуальная и массовая работа.
Люди стали верить в важность соревнований и встали за профсоюзами. Всего за несколько лет список членов профсоюзов увеличился в разы, а работа по пропаганде профсоюзного движения не прекращалась.